اين بناي تاريخي نيز در جنوب غربي حرم مطهر و در ضلع شرقي صحن جمهوري اسلامي مقابل مدرسه‏ي پريزاد واقع است. نام اصلي اين مدرسه، مدرسه‏ي يوسفيه بوده که بعدها به مدرسه‏ي دو در معروف شد. اين بنا نيز از بناهاي دوره‏ي تيموريان در عصر شاهرخ ميرزا گورکاني است. باني مدرسه غياث‏الدين يوسف خواجه بهادر، از امراي خراسان بوده، در سال 842 ه. ق مدرسه را بنا نهاد. اين بناي تاريخي در سال 1088 ه. ق در عصر صفويه مرمت شد و در سالهاي بعد نيز تعميراتي در مدرسه به عمل آمد [1] تزيينات بنا از لحاظ کاشي‏کاري و خطوط و نقوش، نمايانگر هنر عهد تيموري است. بناي مدرسه به سبک چهار ايواني و در فواصل ايوانها، حجره‏هاي فوقاني و تحتاني آن محل سکونت طلاب بوده است. دو گنبد در زاويه‏ي جنوب غربي و جنوب شرقي مدرسه وجود دارد. گنبد جنوب شرقي آن بر فراز مقبره‏ي باني مدرسه غياث‏الدين اميريوسف ساخته شده و ابياتي را با کاشي معرق در خود دارد. گنبد غربي مدرسه بر فراز مقبره‏ي امير سيدي، از امراي بزرگ عهد تيموري است. سنگ قبر باني مدرسه نيز داراي کتيبه است. از نوشته‏هاي لوح مزار معلوم مي‏شود که خواجه در سال 846 ه. ق وفات يافته و در اين مدرسه به خاک سپرده شده است. در ميان مسجد مدرسه کتيبه‏اي به خط ثلث گچبري شده، آياتي از سوره‏ي مبارک «فتح» و تاريخ اربعين و ثمانمائة (840) را دربردارد. زيربناي اين مدرسه 600 متر مربع است و داراي 32 حجره‏ي تحتاني و فوقاني است. کتيبه‏ي سردر مدرسه گوياي تاريخ بناي مدرسه و نام باني بناست. [2] . [ صفحه 82]