حدود سال چهار صد هجري سوري بن معتز که حاکم اين جا بوده و گنبدي با مباشرت وي ساخته مي‏شود، داراي يک بقعه مربع و يک گنبد کوتاه و يک گلدسته، آجرهاي داخلي را آجر رنگي زرد و قرمز به کار برده و کلمه «علي» عليه‏السلام را با پس و پيش کردن آجر و رنگ مخصوص نوشته و بند کشي کرده‏اند. در توسعه اخير حرم مطهر در فيل گوش‏ها ديده شده که طاق زني به صورت آجر معمولي است گلدسته بدون طلا بوده است و اولين طلاکاري در زمان صفويه انجام گرفته است. حدود سال 425 تا 430 مسجد بالا سر ساخته مي‏شود و به حرم وصل مي‏گردد، مسجد را ابوالحسن عراقي ساخته و خود هم در جوار همين مسجد دفن شده است. و بيهقي مسجد را ديده و در تاريخ خود آن را نقل مي‏کند.