سال 1300 مدرسه سعديه پائين پاي مبارک خراب شد و به جاي آن کتابخانه و موزه بنا گرديد و همچنين تالار تشريفات که يک سوم تالار فعلي است و قبر شيخ [ صفحه 273] بهاءالدين که قبلا بين مدرسه علي نقي ميرزا و پائين پا بوده است ساخته مي شود و صحن موزه شکل مي‏گيرد، از سال 1320 تا 1330 کار چنداني صورت نگرفته است. در اين ميان تنها کاشي‏کاري ديوار غربي صحن موزه و سنگ فرش صحن کهنه و ساختن چهار حوض در اين صحن انجام گرفته و روي نهر را هم پوشانيدند و بست‏ها را آسفالت کردند و صحن موزه را هم گل‏کاري و محوطه سازي نمودند. از سال 1330 توسعه داخل رواق‏ها، تعميرات اساسي و پي بندي کليه ابنيه شروع گرديد، ديوارهاي صحنين و رواقها و پي تمام ابنيه ريخته شده و ديوارها را عمق چهارده متر خالي کردند و بتون و آجر چنيني نمودند. از سال سي تا پنجاه عمدتا کارهاي انجام شده عبارتند از پي بندي‏هاي داخل ابنيه، کاشي‏کاري رواق دارالضيافه که قبلا آئينه‏کاري بود، تعميرات اساسي دارالسياده و تجديد آئينه‏کاري آن رواق و سنگ فرش کف آن، در اين سنوات حرم مطهر توسعه پيدا کرد، و در اثر اين کار مسجد بالا سر مبارک که آن هم آئينه‏کاري بود سقف آن را بتون‏کاري کرده و مقرنس بندي نمودند. رواق دارالشکر در اين زمان ساخته شد و بعد از آن دارالاخلاص بنا گرديد. در سال 1345 رواق دارالسلام از ادغام دو رواق راهروي کشيک‏خانه و دارالسلام ساخته شد، و بعد از آن رواق دارالعزه و دارالسرور بنا گرديد، سقف مدرسه علي نقي ميرزا که آئينه‏کاري بود، آئينه‏ها برداشته شد و کاشي‏کاري گرديد. رواق پشت سر مبارک که مشتمل بر صفه شاه طهماسبي و مسجد زنانه که مجموع به صورت يک رواق بنا گرديد، سقف آن تعويض و بتون آرمه شد و کاشي‏کاري گرديد و يک درب هم به رواق الله وردي‏خان باز شد، رواق حاتم خاني کاشي‏کاري گرديد و يک درهم از رواق الله وردي‏خان به رواق حاتم خاني باز گرديد. در ضمن عمليات ساختمان مدرسه علي نقي ميرزا رواق دارالذکر فعلي هنگامي که مشغول حفريات شدند به مظهر قناتي برخورد کردند که مسير آن از طرف جنوب غربي به طرف حرم مي‏آمده و در پشت محراب مسجد گوهرشاد نيز هنگام حفاري [ صفحه 274] ساختمان زير گذر اين قنات مشاهده شد. طلاي ايوان صحن کهنه تجديد شد ازاره و کف رواقها را سنگ مرمر کردند پي بندي و بتون‏ريزي نمودند، تا جلوي رطوبت گرفته شود، در سال 1350 ساختمان موزه و کتابخانه خراب شد رواق دارالزهد و دارالعباده بنا گرديد، کتابخانه و موزه فعلي ساخته شد، صحن موزه سنگ فرش شد و نرده جلو هم تعويض گرديد. در اين مدت هر چه کاشي‏کاري صدمه ديده بود، مرمت شد برج‏ها و مناره‏هائي که صدمه ديده بودند مرمت و بازسازي شدند، برج ساعت بين صحن موزه و صحن جديد در اين زمان ساخته شد برج نقاره‏خانه که حلبي بود ساخته گرديد و برج ساعت سر در بالا خيابان ساخته شد، اکثر مقرنس‏ها و کاشي‏هاي زير سر درها تجديد گرديد. سر در آشپزخانه ايوان بين صحن موزه و صحن نو که تزئين نداشت در اين زمان کاشي‏کاري شد، مهمان سراي فعلي و دستشوئيهاي ممر شاهي ساخته شد، وضوخانه‏هاي صحن کهنه و نو ساخته گرديد ضلع شرقي صحن موزه در اين ايام کاشي‏کاري و تزئين يافت و تالار بزرگ تشريفات در قسمت شرقي صحن موزه ساخته شد که اکنون به صورت تالار مطالعه در دست کتابخانه مي‏باشد.