فضاي بازي که در جنوب مسجد گوهرشاد قرار داشت از آن استفاده شد و [ صفحه 281] صحن مبارک قدس در آن بنا گرديد، صحن قدس دو طبقه ساخته شده و طبقه زيرين 5700 متر مربع زير بنا دارد، شامل انبار، موتورخانه، سرويس‏هاي بهداشتي. در قسمت طبقه همکف 3200 متر مربع زير بنا قرار دارد شامل 28 حجره که 14 حجره در طرف مسجد و صحن و 14 حجره در طرف مقابل مي‏باشد و اسامي هر يک از چهارده معصوم بالاي آن حجره نوشته شده ارتفاع صحن از کف تا ديوارها 6 متر است، اين صحن چهار ايوان و سر در دارد و ايوان قبله آن از ايوان‏هاي ديگر بزرگتر است. در معماري ايران ايوان قبله هميشه بزرگتر گرفته مي‏شود و از اين رو ما هم آن را بزرگتر گرفتيم، محراب صحن قدس جنوبي‏ترين محراب در ابنيه و اماکن متبرکه آستان قدس مي‏باشد و هنگامي که امام جماعت در آن قرار گيرد از همه اطراف و جوانب مي‏توان با آن جا ارتباط برقرار کرد ايوان‏هاي کوتاه اين صحن دوازده متر و ايوان بلند آن 16 متر ارتفاع دارند. اين صحن از طرف شرق به صحن موزه و از شمال به مسجد گوهرشاد و از غرب به بست مسجد گوهرشاد راه دارد، در وسط صحن با توجه به نام صحن سقاخانه‏اي طراحي شده است، اين سقاخانه از طرح قدس قبة الصخرة اقتباس شده و ابعاد آن درست 1 در 8 ابعاد اصلي قدس مي‏باشد و اين به مناسبت امام هشتم عليه‏السلام انتخاب شده است. منبع زيرزمين اين سقاخانه داراي 600 متر مکعب آب است و در قسمت همکف موتورخانه براي سرد کردن آب قرار دارد، و گنبد طلاي آن منبع آب سرد مي‏باشد، در اطراف منبع شيرهاي متعددي گذاشته شده که استفاده کننده‏گان با قرار دادن جام‏ها در مقابل آن به طور خودکار آب از شير سرازير مي‏شود و بعد از دور کردن جام بار ديگر شيرها بسته مي‏گردند.