با ظهور شاه اسماعيل صفوي در صحنه‏ي سياست ايران و رواج مذهب تشيع، شيعيان مشهد مقدس هم از تنگناها و فشار بيرون شدند، شيعيان و علويان که اختيار و سدانت آستانه مقدسه را داشتند از تقيه بيرون شدند و علنا عقايد خود را اظهار داشتند و بدون ترس و واهمه به نشر معارف اهل‏بيت عليهم‏السلام پرداختند. يکي از کارهائي که در عهد صفويه مورد توجه و عنايت قرار گرفت توسعه کتابخانه آستان مقدسه بود در اين عصر براي کتابخانه خازن و مدير تهيه شده و کتاب‏ها در اختيار مردم و علاقمندان قرار گرفته است. پادشاهان صفوي خود، کتاب‏هائي به اين کتابخانه هديه کرده‏اند و قرآن‏هائي بر اين آستان مبارک وقف نموده‏اند. قاضي ميرزا احمد منشي در کتاب گلستان هنر در شرح حال مير صدرالدين محمد، داستاني نقل مي‏کند که از آن به خوبي روشن مي‏شود که در آن زمان کتابخانه مبارکه رضويه يک موسسه و سازماني بوده که علماء و محققان به آن جا مراجعه مي‏کرده‏اند [ صفحه 409] و کتاب امانت مي‏گرفته‏اند و در خانه‏هاي خود از آن‏ها استفاده مي‏نموده‏اند، و در آن جا سخن از تذکره‏اي مي‏رود که در کتابخانه رضويه بوده است. اسکندر بيک ترکمان در عالم آراء ضمن حمله ازبکان به شهر مشهد و غارت حرم مطهر امام رضا عليه‏السلام گويد: و کتابخانه سر کار فيض آثار که در تمادي ايام از اقصي بلاد اسلام جمع شده بود، از مصاحف به خطوط شريفه حضرات ائمه معصومين و استادان ما تقدم، ياقوت مستعصمي و استادان ستة و ديگر کتاب علمي و فارسي که از حيز احصاء بيرون بود به دست ازبکان در آمده آن در گرانمايه را چون خزف ريزه بي‏بها به يکديگر مي‏فروختند. درجاي ديگري در همين کتاب در حالت شاه‏عباس اول گويد: در کتابخانه شريفه آن چه مصاحف و کتب عربي و علمي بود از فقه و تفسير و حديث امثال ذالک وقف سرکار حضرت امام ضامن ابوالحسن علي بن موسي الرضا عليه الصلوات و السلام فرموده به آستانه مقدسه فرستادند و آن چه کتب فارسي بود از توارخ و دواوين و مصنفات اهل عجم وقف آستانه متبرکه صفيه‏ي صفويه نمودند. [1] . از عبارات اسکندر بيک معلوم مي‏شود کتابخانه رضويه در آن ايام بسيار با اهميت بوده و با جهان اسلام در ارتباط بوده، و ظاهرا مردان فاضل و دانشمندي آن را اداره مي‏کرده‏اند زيرا وي مي‏گويد: در تمادي ايام از اقصي بلاد اسلامي جمع شده بوده. خلاصه مطلب اين است که در زمان صفويه و با قدرت گرفتن مذهب تشيع و سرکوبي مخالفان کتابخانه مبارکه رضويه رونق يافت و علماء و فضلا کتاب‏هاي خود را وقف آن روضه مبارکه کردند، و کتابخانه رسميت پيدا کرد و گروهي به عنوان مدير و کتابدار که در آن روز به آن‏ها خازن گفته مي‏شد، معين شدند. از قرن دهم هجري تقريبا کتابخانه رضويه مورد استفاده بوده و وقفه‏اي در آن ايجاد نگرديده است و همواره راه صعود و تکامل را پيموده است، اگر چه در اين ميان [ صفحه 410] فراز و نشيب‏هائي داشته است ولي ارکان و اصول آن محفوظ ماند، کارگزاران و علاقمندان به کتاب در حفظ و نگهداري آن کوشش کردند و اين يادگار قرون و اعصار را نگهداري نمودند.