به درستي معلوم نيست که از چه زماني فهرست‏نگاري در کتابخانه آستانه مقدسه آغاز شده، و ما در اين مورد منابع و مآخذ مورد نظر را بررسي کرديم، ظاهرا نخستين کتابي که در اين مورد گام برداشته کتاب مطلع الشمس است، در اين کتاب در صفحه 757 چاپ سنگي چنين آمده است. فهرست جميع نسخي که فعلا در کتابخانه مبارکه حضرت امام ابوالحسن علي بن موسي الرضا عليه الصلوة و السلام از علوم کثيره موجود و مخزون است به دست آمده، اگر چه صورت آن فهرست چندان مصحح نبود ولي به قدر ميسور منقح ساخته به ثبت و الحاق آن پرداخته شد و بعد فهرستي به قرار ذيل در آن کتاب آورده است. 1 - قرآن‏هاي منسوب به ائمه اطهار عليهم‏السلام 44 مجلد 2 - قرآن‏هاي خط کوفي 32 مجلد 3 - قرآن‏هاي درجه اول 306 مجلد 4 - قرآن‏هاي درجه دوم 526 مجلد [ صفحه 419] 5 - قرآن‏هاي درجه سوم 426 مجلد 6 - قرآن‏هاي چاپي 115 مجلد 7 - جزوه‏هاي قرآن 125 مجلد 8 - تفسير خاصه 91 مجلد 9 - تفسير عامه 105 مجلد 10 - دعاء 184 مجلد 11 - اخبار خاصه 284 مجلد 12 - اخبار عامه 17 مجلد 13 - فقه خاصه 360 مجلد 14 - فقه عامه 102 مجلد 15 - کلام 268 مجلد 16 - معاني و بيان 36 مجلد 17 - منطق 73 مجلد 18 - لغت 43 مجلد 19 - طب 77 مجلد 20 - رجال 15 مجلد 21 - علم قرائت 24 مجلد 22 - علم اخلاق و معارف 20 مجلد 23 - صرف و نحو 83 مجلد 24 - هندسه و حساب 60 مجلد 25 - کتب تاريخ و ديوان 140 مجلد 26 - فرامين 23 مجلد 27 - وقف نامجات 23 مجلد 28 - اجاره نامجات 50 مجلد [ صفحه 420] در اين فهرست از خصوصيات نسخه‏ها چيزي گفته نمي‏شود تنها نام کتاب و مولف و واقف آن ذکر شده است و نام نويسنده هم در کتاب نيامده و ظاهرا متصدي آن روز کتابخانه اسامي کتاب‏ها را نوشته و آن‏ها را از نظر موضوع طبقه‏بندي کرده و براي اعتماد السلطنه فرستاده، او نيز اگر چه صورت را ناقص تلقي کرده ولي در پايان کتاب خود آورده است: بايد توجه داشت که کتابخانه آستانه مقدسه در آن ايام چه تعداد کتاب در موضوعات مختلف علوم و معارف اسلامي داشته است و از آن زمان تا قرن معاصر که اندکي بيش از صد سال مي‏گذرد چه تحولاتي روي داده، وقتي که کتابخانه آستانه مقدسه تعداد کتب آن چنين باشد معلوم مي‏گردد که در ساير اماکن علمي و مدرسه‏ها چه تعداد کتاب بوده است. مرحوم نوروز علي بسطامي در فردوس التواريخ که آن را در سال 1297 تاليف مي‏کرده فهرستي از کتاب‏هاي موجود در کتابخانه آستانه مقدسه را در کتاب خود آورده، او نيز فقط به نام کتاب و مؤلف آن اشاره مي‏کند و به خصوصيات کتاب‏ها اشاره‏اي ندارد، او نام کتاب‏ها را ذکر مي‏کند و در پايان تعداد آن‏ها را ذکر کرده که اکنون به نظر خوانندگان مي‏رسد: 1 - کلام الله به خط کوفي منسوب به خط جناب ولايت مآب و ساير ائمه عليهم‏السلام 49 مجلد 2 - کلام الله به خط کوفي 39 مجلد 3 - کلام الله ممتاز اعلي 400 مجلد 4 - کلام الله به خط ثلث و ريحان 650 مجلد 5 - کلام الله وسط 100 مجلد 6 - جزوه‏هاي خوشنويسي 1400 مجلد 7 - کلام الله چاپي 200 مجلد 8 - علم تفسير 250 مجلد [ صفحه 421] 9 - ادعيه 200 مجلد 10 - اخبار 300 مجلد 11 - فقه 400 مجلد 12 - حکمت و کلام 300 مجلد 13 - معاني و بيان 40 مجلد 14 - منطق 70 مجلد 15 - قرائت 23 مجلد 16 - اخلاق 20 مجلد 17 - لغت 50 مجلد 18 - رياضي و هندسه و حساب 62 مجلد 19 - نحو و صرف 90 مجلد 20 - تاريخ و اشعار 150 مجلد مرحوم بسطامي گويد: اين صورت را جناب مستطاب محبوب خداوند و دود حاج ميرزا داود مشرف کتابخانه مبارکه مرقوم داشته‏اند. معلوم مي‏گردد که در آن وقت کتابخانه خازن و دفتردار داشته و همه کتاب‏ها را به صورت موضوعي براي استفاده کنندگان تهيه کرده بودند تا کسي به سهولت بتواند کتاب مورد نظر خود را بيابد. او در پايان کتاب خود گويد: درب کتابخانه مبارکه را مرحوم ميرزا ابراهيم‏خان خمسه مظفرالدوله نقره کرد و وزن آن حدود هشتاد و يک مثقال است و آن مرحوم در آن جا مدفون است و در زمان تحرير اين نسخه شريفه و تاليف اين صحيفه منيفه امورات و نظم کتابخانه مبارکه رضويه علي مشرفها الاف الاسلام و التحيه موکول به نظر مبارک نواب مستطاب شريعت آثار. اعني سر حلقه متهجدين و نور فروزان متسهرين و روشني بخش مجالس متسحرين نواب اشرف امجد ارفع و الا اشرف الحاج و العمار حاج اوکتاي قا آن ميرزا ادام الله تعالي توفيقاته في الغدو و المساء، اين غريق بحر عصيان از آن چشم چراغ متهجدان [ صفحه 422] درخواست نمودم که عدد کتب کتابخانه مبارکه را که در هر علم و فني بوده معين و مقرر فرمايند، تا در اين نسخه ثبت و درج نمايم. فهرست نگاري به شيوه امروز از سالهاي 1305 شروع شده و در زمان نيابت توليت مرحوم محمد ولي‏خان اسدي توسط مرحوم عبدالعلي ميرزا اوکتائي رياست کتابخانه مبارکه رضويه نخستين فهرست کتابخانه به چاپ رسيد، و کتابخانه آستان قدس از آن تاريخ شهرت و محبوبيت خود را در جهان علم و ادب بازيافت و بر اهميت آن افزوده گشت و فهرست‏نويسي از آن تاريخ تاکنون ادامه دارد.