در قرن ششم هجري هنگامي که ترکمانان سلجوقي حکومت مي‏کرده‏اند، بار ديگر تعصبات و مناقشات مذهبي در مشهد و ناحيه طوس شروع مي‏شود و جنگ سني و شيعه در آن جا آغاز مي‏گردد و فتنه‏ها پديد مي‏آيد، گروهي به خاک و خون کشيده مي‏شوند و سرانجام روضه منوره بار ديگر تخريب مي‏گردد. ابن‏اثير جزري در کتاب کامل التواريخ در حوادث سال 510 هجري از فتنه‏اي که در طوس پديد آمده مي‏گويد: دراين سال در روز عاشورا، فتنه و آشوب بزرگي در طوس پديد آمد، و اين فتنه در مشهد علي بن موسي الرضا عليهماالسلام رخ داد، علت و سبب آن فتنه اين بود که بين يک نفر علوي و يک فقيهي از فقهاء طوس مشاجره‏اي در روز عاشورا در گرفت. گفتگوي آنها به نزاع و مخاصمه کشيد و زد و خورد آغاز گرديد، آنها بعد از نزاع دست از هم کشيدند و فتنه خاموش شد، ولي بعدا هر يک از آنها از گروه خود تقاضاي حمايت کردند و فتنه‏اي شديد بار ديگر شروع شد که همه مردمان طوس را در بر گرفت، مردم از هر طرف جمع شدند و از آن فقيه حمايت کردند. [ صفحه 95] فقيه از اهل سنت بوده و جماعت سنيان هم زياد بوده‏اند آنها به مشهد حمله مي‏کنند و آن مکان مقدس را در محاصره مي‏گيرند و بعد بقعه مبارکه را خراب مي‏کنند و هر کسي را که در مشهد يافتند به قتل رسانيدند، در اين ميان گروهي کشته شدند و اموال زيادي به تاراج رفت و بعد هم همه پراکنده گرديدند و نماز جمعه در مشهد تعطيل گرديد. مدت چند سال اين وضع ادامه داشت و شيعيان و علويان از خواندن نماز جمعه محروم بودند و جماعات و خطابه در آن جا بر پا نمي‏شد، تا آن گاه که در سال 515 فرامرزبن علي حصاري پيرامون مشهد مقدس کشيدند، آن حصار بلند موجب شد که مشهد از گزند حوادث محفوظ بماند و کسي نتواند به آن جا صدمه‏اي وارد کند. [1] .