بناء اصلي حرم که اکنون پايه‏ها و اصول آن براساس همان بناء قرن ششم قرار دارد، مساحت آن از طرف جنوب 40 / 10 متر طرف شرق 90 / 10 متر، طرف شمالي 40 / 10 متر و طرف غربي 90 / 10 متر مي‏باشد و در منتخب و مطلع الشمس هم مساحت حرم را مربع و در ده زرع نوشته‏اند. در ورودي آن از طرف قبله و پيش روي مبارک امام عليه‏السلام بوده و کتيبه تاريخي بناء حرم مطهر که در آن نسب حضرت رضا عليه‏السلام روي کاشي‏هاي چيني نما ذکر شده و تاريخ کتابت آن سال 612 مي‏باشد که در سمت چپ کسي که مي‏خواهد از دار الحفاظ وارد حرم مطهر شود در حاشيه در بزرگ حرم قرار دارد. در سه طرف حرم مطهر سه صفه قرار داشته که دهانه هر يک سه متر بوده و بالاي صفه‏ها در زير گنبد و بالاي کتيبه سه غرفه بوده که از آن جا نور به حرم مطهر مي‏تابيده و هنوز هم آن غرفه‏ها بالاي کتيبه ديده مي‏شوند، و همچنين از آن‏ها نور خورشيد به حرم مي‏تابد و قبر مطهر نزديک ديوار سمت شمال غرب مي‏باشد و در زير گنبد قرار نگرفته است، و معلوم نيست بانيان اصلي حرم به چه منظوري قبر مطهر را در کنار ديوار قرار داده‏اند به طوري که عبور و مرور از سمت بالا بسيار مشکل بود و هنوز هم با توسعه حرم اين مشکل ادامه دارد.